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宏转录组 (Metatranscriptomics)主要从群体水平上研究环境样品中微生物的全部转录本(即 mRNA )的表达水平及其在不同环境条件下的转录调控规律,并研究微生物与自然环境的相互关系。
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多组学(Multi-omics)研究是探究生物系统中多种物质之间相互作用的方法。随着微生物组学研究的不断发展,越来越多的研究者开始将微生物组学与转录组学,蛋白组学及代谢组学联合起来,通过两种或两种以上组学研究方法从物种、基因以及代谢产物等水平共同解释科学问题,更好地理解疾病病变过程及机体内物质的代谢途径。
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以PacBio公司的RS II和Sequel测序系统为代表的第三代测序技术,通过SMRT单分子实时测序技术(Single molecule real-time sequencing),可以对DNA序列实现单分子级别的超长读长测序,因而能够轻易读取微生物的rRNA基因/ITS全长序列,不受制于短序列的局限性.