简化甲基化测序
DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用。针对全基因组甲基化测序成本相对昂贵,即产生了简化甲基化测序,该方法通过酶切富集启动子及CpG岛区域,硫化处理及片段富集,构建文库后进行测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。
利用限制性内切酶对基因组进行酶切,可以极大幅度的提高CpG区域的测序深度,与全基因组甲基化测序相比减少大量的测序量,在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以达到高精度分辨率。同时,利用RRBS可以实现多个样本的比对基因组分析。
1、数据产出统计及基本的数据质控处理
2、测序数据与目的物种基因组进行比对
3、胞嘧啶C的测序深度统计
4、Promoter和CpG岛上覆盖度及甲基化分析
5、鉴定胞嘧啶C碱基的甲基化状态及在基因组上的分布
1、DNA样品总量:简化甲基化测序需要提供2μg的基因组DNA;为保证实验质量及延续性,请一次性提供至少2次样本制备量;
2、样品浓度和纯度:基因组DNA样品浓度>50ng/μl; OD260/280介于1.8-2.0,无肉眼可见污染;
3、样品保存:请选择乙醇、纯水进行保存,并在样品信息单中注明;
4、样品运输:请将样品置于1.5ml管中,并用封口膜封好。
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